L’Organizzazione di A.P.M.I. Bologna prevede un’articolazione per settori merceologici in Unioni di categoria.
Ogni Unione può eleggere al proprio interno un Consiglio ed un Presidente secondo il proprio regolamento interno, comunque ispirato allo statuto di A.P.M.I. Bologna.
Ogni Unione aderisce inoltre alla rispettiva Organizzazione Nazionale, che è titolare del Contratto Collettivo Nazionale del Lavoro.